Nei plot delle aree di monitoraggio verranno svolti, sia prima che dopo gli interventi, i rilievi per conoscere tre livelli di biodiversità:

• microfauna (batteri e funghi microscopici);
• mesofauna (microartropodi <2mm);
• macrofauna (microartropodi).

Per ciascuno di questi livelli si determinerà  con specifiche metodologie, la composizione specifica e l’abbondanza delle singole specie (o gruppi di specie).  
Per mesofauna e macrofauna vengono calcolati anche specifici indici di per la determinazione del grado di diversità (rispettivamente: indice Sintetico di Qualità Biologica dei microartropodi (QBS-ar) e indice di Shannon (H’)); per la microfauna determinati indicatori microbiologici quali la respirazione microbica e il C della biomassa per valutare la qualità biologica del suolo.